Durante el viaje a Chile 3 navíos hicieron el viaje desde Perú para encontrarse Diego de Almagro, de ellas Solo la San Pedro llegó hasta los vilos con víveres, ropa y huestes españolas.
En febrero de 1536 la San Cristóbal con el capitán Diego García de Alfaro se detuvo en Arica. En general los indígenas (de Arica y el sur de la costa) mataron unos 12 españoles del navío.
Tras el fracaso de la expedición de Almagro este volvió hacia el peru por el borde costero para no tener que cruzar la cordillera y así alejarse del invierno altiplánico, La San Pedro lo acompaño en paralelo por mar, aunque debido a su naturaleza se fue adelantando al viaje.
Cerca de Arica la San pedro fue asediada por los indígenas, por lo que Diego de Almagro envió un destacamento de para socorrer al navío después de lo cual arribó toda la hueste almagrista. Esta presencia abrumadora de españoles motivó una retirada general de los pobladores ariqueños hacia el interior del territorio.
En fue la ultima vez que Almagro se topo con la carabela.
