El entorno de las Cuevas de Anzota está constituido por dos tipos de rocas: rocas intrusivas y una secuencia de rocas volcánicas y sedimentarias. Las rocas intrusivas son granitoides. Hace aproximadamente unos 96 millones de años se formaron estas estructuras naturales y en ellas se han encontrado restos de momias.
Suponen un lugar perfecto para establecerse, debido a que muchas están en altura y tienen gran cercanía al mar. En la zona sur pueden encontrarse petroglifos que lamentablemente han sido rayados con pintura por visitantes inescrupulosos.
